Năm 1979, Saddam Hussein trở thành tổng thống Iraq, ông ta tiếp tục các cải cách xã hội và đàn áp các đối thủ chính trị của đảng Baath. Được Mỹ và cả Liên Xô cổ vũ, ông ta tiến hành chiến tranh chống Iran. Trong cuộc chiến này, quân đội Iraq đã rất nhiều lần thực hiện các vụ tấn công bằng vũ khí hóa học, trong đó có cả những vụ tấn công nhằm vào dân thường, chẳng hạn như ở thị trấn Sardasht [35]. Hầu hết những cuộc tấn công này đều được tiến hành theo mệnh lệnh của Saddam.

Trong nước, Saddam Hussein thực hiện chiến dịch đàn áp phong trào đòi độc lập của người Kurd. Trong vụ thảm sát được tiến hành theo chỉ đạo của Saddam Hussein tại làng Halabija, khoảng 3.200 đến 5.000 người Kurd đã thiệt mạng [36][37], đây là vụ tấn công bằng vũ khí hóa học lớn nhất nhằm vào thường dân trong lịch sử, cũng là vụ tấn công bằng vũ khí hóa học có quy mô lớn nhất trong lịch sử hiện đại [38][39]. Trong chiến dịch quân sự ở Anfal (còn gọi là “Diệt chủng Anfal”), quân đội chính phủ Iraq đã giết chết khoảng 50.000-182.000 người Kurd [40]. Ước tính chế độ Saddam Hussein đã gây ra cái chết của 250.000 người Iraq thông qua các chiến dịch thanh trừng và diệt chủng trong hơn 30 năm cầm quyền [27].

Sự phản đối mạnh mẽ của thế giới đối với chế độ độc tài của Saddam Hussein đã bắt đầu kể từ khi Iraq đem quân xâm chiếm Kuwait năm 1990 [41]. Cộng đồng quốc tế đã lên án mạnh mẽ cuộc xâm lược này, và đến năm 1991, một liên minh quân sự do Hoa Kỳ lãnh đạo đã phát động Chiến tranh vùng Vịnh và thành công trong việc đánh đuổi quân đội Iraq ra khỏi lãnh thổ Kuwait.

Sau chiến tranh vùng Vịnh, Mỹ và các đồng minh đã thực hiện nhiều biện pháp để làm suy yếu chế độ Hussein. Những biện pháp này bao gồm các lệnh trừng phạt kinh tế rất khắc nghiệt của Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc khiến cho nền kinh tế Iraq rơi vào khủng hoảng; việc thực thi các khu vực cấm bay tại Iraq mà Mỹ và Anh tuyên bố là để bảo vệ cộng đồng người Kurd và người Hồi giáo Shia; cùng với đó là các cuộc thanh tra nhằm đảm bảo sự tuân thủ của Iraq đối với các nghị quyết của Liên Hợp Quốc liên quan đến kho vũ khí hủy diệt hàng loạt của Iraq.

Các cuộc thanh tra này được tiến hành bởi Ủy ban Đặc biệt của Liên Hợp quốc (UNSCOM), hợp tác với Cơ quan Năng lượng Nguyên tử Quốc tế, với mục đích đảm bảo rằng chính phủ Iraq sẽ tuân thủ nghị quyết của LHQ và phá hủy tất cả các kho dự trữ cũng như các cơ sở sản xuất vũ khí hóa học, vũ khí sinh học hoặc vũ khí hạt nhân trên toàn lãnh thổ nước này [42]. Trong khoảng một thập kỷ sau cuộc Chiến tranh vùng Vịnh, Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc đã thông qua 16 nghị quyết kêu gọi Iraq loại bỏ hoàn toàn kho vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhiều quốc gia thành viên của LHQ cáo buộc rằng chính phủ Iraq đã liên tục cản trở công việc thanh tra của Ủy ban đặc biệt và không thực hiện nghiêm túc nghĩa vụ giải giáp vũ khí hủy diệt hang loạt. Các quan chức chính phủ Iraq cũng đã nhiều lần quấy rối các thanh tra viên LHQ và không cho các thanh tra viên thực hiện công việc của mình [42]. Đáp trả những cáo buộc này, vào tháng 8 năm 1998 Saddam Hussein đã đình chỉ hoàn toàn việc hợp tác với các thanh tra viên LHQ và trục xuất họ về nước, ông còn cáo buộc rằng những người thanh tra viên này là “gián điệp của Mỹ” [43].

Vào tháng 10 năm 1998, lật đổ chính quyền Saddam Hussein đã trở thành trọng tâm trong chính sách đối ngoại của Hoa Kỳ với việc ban hành Đạo luật Giải phóng Iraq. Đạo luật này đã cung cấp 97 triệu USD cho các "tổ chức dân chủ đối lập" ở Iraq để "thiết lập một chương trình hỗ trợ cho quá trình chuyển đổi sang nền dân chủ ở Iraq" [44]. Đạo luật này trái ngược với các điều khoản được quy định trong Nghị quyết 687 của Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc, vốn chỉ tập trung vào chương trình vũ khí hủy diệt hàng loạt của Iraq mà không đề cập gì đến việc thay đổi chế độ [45]. Một tháng sau khi Đạo luật Giải phóng Iraq được thông qua, Hoa Kỳ và Vương quốc Anh đã phát động một chiến dịch ném bom lãnh thổ Iraq có tên là "Chiến dịch Cáo sa mạc". Mục tiêu của chiến dịch này là cản trở khả năng sản xuất vũ khí hóa học, vũ khí sinh học và vũ khí và hạt nhân của chính phủ Saddam Hussein, nhưng chính phủ Mỹ cũng hy vọng nó cũng sẽ làm suy giảm sức mạnh của Saddam [46].

Sau khi George W. Bush giành thắng lợi trong cuộc bầu cử tổng thống năm 2000, chính phủ Mỹ đã quyết tâm thực hiện một chính sách cứng rắn hơn đối với Iraq. Nền tảng chiến dịch của Đảng Cộng hòa trong cuộc bầu cử năm 2000 đã kêu gọi "thực hiện đầy đủ" Đạo Luật Giải phóng Iraq như một điểm khởi đầu trong kế hoạch tiêu diệt Saddam [47].